Название села происходит от фамилии владельцев – дворян Анненковых. Из их рода наиболее известен граф Иван Александрович Анненков, декабрист. В кинофильме «Звезда пленительного счастья» его сыграл Игорь Костолевский.
В конце XIX века село уже принадлежало Петру Аркадьевичу Столыпину – будущему премьер-министру России. Женился Пётр Аркадьевич на праправнучке Суворова, Ольге Борисовне Нейдгарт.
С этой женитьбой связано предание. Ольга Борисовна была невестой старшего брата Столыпина – Михаила. Но незадолго до свадьбы Михаил погиб на дуэли. И, согласно преданию, на смертном одре брат вложил руку своей невесты в руку Петра. Через некоторое время Пётр Аркадьевич посватался к ней. Полагают, что обвенчались молодые в храме села Анненкова. В сохранившихся метрических книгах запись о браке Столыпина отсутствует. Следовательно, прямых доказательств венчания именно в Анненковском храме нет, но и записи о венчании Столыпина ни в каком другом храме тоже не найдено.
Церковь Троицы Живоначальной была заложена в 1854 году по типовому проекту архитектора Константина Тона — основоположника русско-византийского стиля в храмовой архитектуре, а также известного, как автора проекта храма Христа Спасителя в Москве.
В советские годы в селе был образован колхоз «Революция. В храме был устроен склад удобрений. В начале 70-х годов XX века, в связи с промышленной разработкой близлежащего карьера было принято решение об упразднении Анненкова. На его месте планировалась добыча полезных ископаемых. Деревянные избы были разобраны и перевезены на новое место – в посёлок Анненковский Карьер. Всё, что можно было забрать с собой, жители увезли по новым адресам, а остальное было уничтожено временем и природой. Так исчезло целое село. До наших дней дошли лишь старое кладбище и одинокостоящий посреди поля храм. Никакой добычи на месте истреблённого села Анненково не ведётся до сих пор.
